Journal of Translational Medical Research

fa برازش شبکه تنظیم ژنی ژن‌های مؤثر در پاتوفیزیولوژی کبد چرب موش به‌وسیله کاوش پروموتری Gene regulation network fitting of genes involved in the pathophysiology of fatty liver in the mice by promoter mining ژنتيك پزشكي Medical Genetics مقاله اصیل پژوهشی Original Article <div style="text-align: justify;">زمینه و هدف: بیماری کبد چرب غیرالکلی (NAFLD)، علت اصلی بیماری مزمن کبدی در کشورهای توسعه‌یافته است. در این مطالعه، به شناسایی مهم‌ترین فاکتورهای رونویسی و سازوکارهای بیولوژیکی مؤثر بر بروز بیماری کبد چرب با استفاده از داده‌کاوی ناحیه پروموتری، پرداخته شد. روش تحقیق: در این مطالعه، ابتدا ژن‌های نشانگر مرتبط با این بیماری یافت شدند و الگوی اتصال فاکتورهای رونویسی با نرم‌افزار Genomatix بررسی گردید. در کل ژنوم، ژن‌هایی که الگوی اتصال مشابهی برای فاکتورهای رونویسی به ناحیه پروموتری داشتند، به‌عنوان ژن‌های احتمالی مؤثر بر کبد چرب شناسایی شدند. با استفاده از نرم‌افزار Cytoscape (3.6.0)، شبکه برهمکنش فاکتورهای رونویسی و ژن‌های هدف ترسیم گردید. در نهایت مهم‌ترین مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با ژن‌های به‌دست آمده از کبد چرب، با استفاده از پایگاه اطلاعاتی DAVID بررسی شد. یافته‌ها: برازش شبکه برهمکنش پروتئینی نشان داد که فاکتورهای رونویسی Creb1، Jun و Max و ژن‌های Gsk3b، Ddit3 وSfpi1 در بروز این بیماری مهم‌ترین نقش را دارا هستند. آنالیز ژن آنتولوژی حاصل از مطالعه نیز نشان داد، مسیرهای بیولوژیکی شامل: آپاپتوز، سیگنال‌های درون‌سلولی و بیوسنتز ترکیبات آروماتیک و مسیرهای سیگنال‌دهی ریتم‌های شبانه روزی، کبد چرب غیر الکلی و سیگنال‌های کموکاین، در بروز عارضه کبد چرب دخیل هستند. نتیجه‌گیری: افزایش بیان فاکتورهای رونویسی و ژن‌های به‌دست آمده می‌تواند یکی از عوامل مؤثر بر بروز این بیماری باشد؛ همچنین مسیرهای بیولوژیکی آپاپتوز، سیگنال‌های درون‌سلولی و بیوسنتز ترکیبات آروماتیک و مسیرهای سیگنال‌دهی ریتم‌های شبانه‌روزی، کبد چرب غیر الکلی و سیگنال‌های کموکاین در عارضه کبد چرب مهم به‌شمار می‌آیند.  </div> <div style="text-align: justify;">Background and Aim: Non-Alcoholic Fatty Liver Disease (NAFLD) is the major cause of chronic liver disease in developed countries. In this study, we identified the most important transcription factors and biological mechanisms affecting the incidence of fatty liver disease using the promoter region data mining. Materials and Methods In this study, at first, the marker genes associated with this disease were detected and the pattern of transcription factors was examined by the Genomatix software.  In the whole of genome, genes with a similar binding pattern for transcription factors in the promoter region were identified as potentially effective genes on the fatty liver. By using the Cytoscape software (3.6.0), the network of transcription factors and target genes was mapped. Finally, the most important biological pathways associated with genes derived from fatty liver were studied using the DAVID database. Results: The protein network fitting showed Creb1, Jun and Max transcription factors and  Sfpi1, Ddit3 and Gsk3b genes play an important role in the development of this disease. Gene ontology analysis revealed that biological pathways including apoptosis, intracellular signals, and biosynthesis of aromatic compounds and signaling pathways of circadian rhythm, non-alcoholic fatty liver, and chemokine signals contributed to the occurrence of fatty liver disease. Conclusion: Increasing the expression of transcription factors and genes produced can be one of the most factors affecting the onset of the disease, also, biological pathways including apoptosis, intracellular signals, and biosynthesis of aromatic compounds and signaling pathways of circadian rhythm, non-alcoholic fatty liver, and chemokine signals are important in fatty liver phenomenon.  </div> آنالیز پروموتر؛ فاکتورهای رونویسی؛ کبد چرب؛ موش Promoter Analysis, Transcription Factors, Fatty Liver, Mice 118 127 http://journal.bums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-2551-1&slc_lang=fa&sid=1 Zahra Eestanesti زهرا استانستی estanesti.zahra@gmail.com 8700319475328460037755 8700319475328460037755 Yes Animal Science Department, University of Birjand, Birjand. Iran گروه علوم دامی، دانشگاه بیرجند، بیرجند، ایران Hadi Sarir هادی سریر sarirh@birjand.ac.ir 8700319475328460037756 8700319475328460037756 No Animal Science Department, University of Birjand, Birjand. Iran گروه علوم دامی، دانشگاه بیرجند، بیرجند، ایران Homayon Farhangfar همایون فرهنگ فر hfarhangfar@birjand.ac.ir 8700319475328460037757 8700319475328460037757 No Animal Science Department, University of Birjand, Birjand, Iran گروه علوم دامی، دانشگاه بیرجند، بیرجند، ایران Elham Behdani الهام بهدانی el_behdani86@yahoo.com 8700319475328460037758 8700319475328460037758 No Animal Science Department, Khuzestan Agricultural and Natural Resources University, Ahvaz, Iran گروه علوم دامی، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان، اهواز، ایران