Journal of Birjand University of Medical Sciences
مجله علمي دانشگاه علوم پزشكي بيرجند
J Birjand Univ Med Sci
Medical Sciences
http://journal.bums.ac.ir
87
journal87
1607-2197
2423-6152
fa
jalali
1398
2
1
gregorian
2019
5
1
26
2
online
1
fulltext
fa
برازش شبکه تنظیم ژنی ژنهای مؤثر در پاتوفیزیولوژی کبد چرب موش بهوسیله کاوش پروموتری
Gene regulation network fitting of genes involved in the pathophysiology of fatty liver in the mice by promoter mining
ژنتيك پزشكي
Medical Genetics
مقاله اصیل پژوهشی
Original Article
<div style="text-align: justify;"><strong><span style="font-family: b mitra;"><span style="font-size: 10pt;">زمینه و هدف:</span></span></strong><span style="font-family: b mitra;"><span style="font-size: 11pt;"> بیماری کبد چرب غیرالکلی (</span></span><span dir="LTR"><span style="font-size: 9pt;">NAFLD</span></span><span style="font-family: b mitra;"><span style="font-size: 11pt;">)، علت اصلی بیماری مزمن کبدی در کشورهای توسعهیافته است. در این مطالعه، به شناسایی مهمترین فاکتورهای رونویسی و سازوکارهای بیولوژیکی مؤثر بر بروز بیماری کبد چرب با استفاده از دادهکاوی ناحیه پروموتری</span></span><span style="font-family: b mitra;"><span style="font-size: 11pt;">،</span></span><span style="font-family: b mitra;"><span style="font-size: 11pt;"> پرداخته شد.</span></span><br>
<strong><span style="font-family: b mitra;"><span style="font-size: 10pt;">روش تحقیق:</span></span></strong><span style="font-family: b mitra;"><span style="font-size: 11pt;"> در این مطالعه، ابتدا ژنهای نشانگر مرتبط با این بیماری یافت شدند و الگوی اتصال فاکتورهای رونویسی با نرمافزار </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size: 9pt;">Genomatix</span></span><span style="font-family: b mitra;"><span style="font-size: 11pt;"> بررسی گردید. در کل ژنوم، ژنهایی که الگوی اتصال مشابهی برای فاکتورهای رونویسی به ناحیه پروموتری داشتند، بهعنوان ژنهای احتمالی مؤثر بر کبد چرب شناسایی شدند. با استفاده از نرمافزار </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size: 9pt;">Cytoscape</span></span> <span dir="LTR"><span style="font-size: 9pt;">(3.6.0)</span></span><span style="font-family: b mitra;"><span style="font-size: 11pt;">، شبکه برهمکنش فاکتورهای رونویسی و ژنهای هدف ترسیم گردید. در نهایت مهمترین مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با ژنهای بهدست آمده </span></span><span style="font-family: b mitra;"><span style="font-size: 11pt;">از</span></span><span style="font-family: b mitra;"><span style="font-size: 11pt;"> کبد چرب، با استفاده از پایگاه اطلاعاتی </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size: 9pt;">DAVID</span></span><span style="font-family: b mitra;"><span style="font-size: 11pt;"> بررسی شد.</span></span><br>
<strong><span style="font-family: b mitra;"><span style="font-size: 10pt;">یافتهها:</span></span></strong><span style="font-family: b mitra;"><span style="font-size: 11pt;"> برازش شبکه برهمکنش پروتئینی نشان داد که فاکتورهای رونویسی </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size: 9pt;">Creb1</span></span><span style="font-family: b mitra;"><span style="font-size: 11pt;">، </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size: 9pt;">Jun</span></span><span style="font-family: b mitra;"><span style="font-size: 11pt;"> و </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size: 9pt;">Max</span></span><span style="font-family: b mitra;"><span style="font-size: 11pt;"> و ژنهای </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size: 9pt;">Gsk3b</span></span><span style="font-family: b mitra;"><span style="font-size: 11pt;">، </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size: 9pt;">Ddit3</span></span><span style="font-family: b mitra;"><span style="font-size: 11pt;"> و</span></span><span dir="LTR"><span style="font-size: 9pt;">Sfpi1</span></span><span style="font-family: b mitra;"><span style="font-size: 11pt;"> در بروز این بیماری مهمترین نقش را دارا هستند. آنالیز ژن آنتولوژی حاصل از مطالعه نیز نشان داد، مسیرهای بیولوژیکی شامل: آپاپتوز، سیگنالهای درونسلولی و بیوسنتز ترکیبات آروماتیک و مسیرهای سیگنالدهی ریتمهای شبانه روزی، کبد چرب غیر الکلی و سیگنالهای کموکاین، در بروز عارضه کبد چرب دخیل هستند.</span></span><br>
<strong><span style="font-family: b mitra;"><span style="font-size: 10pt;">نتیجهگیری:</span></span></strong><span style="font-family: b mitra;"><span style="font-size: 11pt;"> افزایش بیان فاکتورهای رونویسی و ژنهای بهدست آمده میتواند یکی از عوامل مؤثر بر بروز این بیماری باشد؛</span></span> <span style="font-family: b mitra;"><span style="font-size: 11pt;">همچنین مسیرهای بیولوژیکی آپاپتوز، سیگنالهای درونسلولی و بیوسنتز ترکیبات آروماتیک و مسیرهای سیگنالدهی ریتمهای شبانهروزی، کبد چرب غیر الکلی و سیگنالهای کموکاین در عارضه کبد چرب مهم بهشمار میآیند.</span></span><br>
</div>
<div style="text-align: justify;"><strong>Background and Aim:</strong> Non-Alcoholic Fatty Liver Disease (NAFLD) is the major cause of chronic liver disease in developed countries. In this study, we identified the most important transcription factors and biological mechanisms affecting the incidence of fatty liver disease using the promoter region data mining.<br>
<strong>Materials and Methods</strong> In this study, at first, the marker genes associated with this disease were detected and the pattern of transcription factors was examined by the Genomatix software. In the whole of genome, genes with a similar binding pattern for transcription factors in the promoter region were identified as potentially effective genes on the fatty liver. By using the Cytoscape software (3.6.0), the network of transcription factors and target genes was mapped. Finally, the most important biological pathways associated with genes derived from fatty liver were studied using the DAVID database.<br>
<strong>Results: </strong>The protein network fitting showed Creb1, Jun and Max transcription factors and Sfpi1, Ddit3 and Gsk3b genes play an important role in the development of this disease. Gene ontology analysis revealed that biological pathways including apoptosis, intracellular signals, and biosynthesis of aromatic compounds and signaling pathways of circadian rhythm, non-alcoholic fatty liver, and chemokine signals contributed to the occurrence of fatty liver disease.<br>
<strong>Conclusion: </strong>Increasing the expression of transcription factors and genes produced can be one of the most factors affecting the onset of the disease, also, biological pathways including apoptosis, intracellular signals, and biosynthesis of aromatic compounds and signaling pathways of circadian rhythm, non-alcoholic fatty liver, and chemokine signals are important in fatty liver phenomenon.<br>
</div>
آنالیز پروموتر؛ فاکتورهای رونویسی؛ کبد چرب؛ موش
Promoter Analysis, Transcription Factors, Fatty Liver, Mice
118
127
http://journal.bums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-2551-1&slc_lang=fa&sid=1
Zahra
Eestanesti
زهرا
استانستی
estanesti.zahra@gmail.com
8700319475328460037755
8700319475328460037755
Yes
Animal Science Department, University of Birjand, Birjand. Iran
گروه علوم دامی، دانشگاه بیرجند، بیرجند، ایران
Hadi
Sarir
هادی
سریر
sarirh@birjand.ac.ir
8700319475328460037756
8700319475328460037756
No
Animal Science Department, University of Birjand, Birjand. Iran
گروه علوم دامی، دانشگاه بیرجند، بیرجند، ایران
Homayon
Farhangfar
همایون
فرهنگ فر
hfarhangfar@birjand.ac.ir
8700319475328460037757
8700319475328460037757
No
Animal Science Department, University of Birjand, Birjand, Iran
گروه علوم دامی، دانشگاه بیرجند، بیرجند، ایران
Elham
Behdani
الهام
بهدانی
el_behdani86@yahoo.com
8700319475328460037758
8700319475328460037758
No
Animal Science Department, Khuzestan Agricultural and Natural Resources University, Ahvaz, Iran
گروه علوم دامی، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان، اهواز، ایران