زمینه و هدف: سوء تغذیه کودکان یکی از مشکلات بهداشتی مهم در جهان، بویژه در کشورهای در حال توسعه می‌باشد که عوارض نامطلوبی بر سلامت جسمی و ذهنی کودکان دارد؛ همچنین زمینه‌ساز عفونتها و از علل مهم مرگ و میر کودکان می‌باشد. مطالعه حاضر با هدف تعیین شیوع سوءتغذیه در کودکان زیر شش سال انجام شد. روش تحقیق: این مطالعه توصیفی- تحلیلی از نوع مقطعی بر روی 1807 کودک زیر شش سال استان خراسان جنوبی که به روش نمونه‌گیری خوشه‌ای چند مرحله‌ای سهمی از مناطق شهری و روستایی شش شهرستان تحت پوشش استان انتخاب شده بودند، انجام شد. داده‌ها با استفاده از پرسشنامه کشوری طرح Anthropometric Nutrition Indicators Survey (ANIS) توسط کاردان و یا کارشناسان بهداشت خانواده آموزش دیده با مصاحبه با مادر جمع‌آوری گردید. اندازه‌گیری قد و وزن با روش استاندارد و ترازوی سکا و با دقت 50 گرم اندازه‌گیری شد. برای بررسی سوء تغذیه از سه شاخص وزن به سن (کم‌وزنی)، وزن به قد (لاغری) و قد به سن (کوتاهی قد) استفاده شد. داده‌های جمع‌آوری‌شده با استفاده از نرم‌افزار SPSS و EPI-Info 2000 و آزمون Chi-Square در سطح معنی‌داری 05/0α= مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. یافته‌ها: از 1807 کودک مورد مطالعه، 7/51% پسر و بقیه دختر، 2/52% ساکن شهر و بقیه ساکن روستا، 37% کمتر از 24 ماه و بقیه بالای 24 ماه بودند. از نظر شاخص کم‌وزنی 2/52% طبیعی، 9/34% کم‌وزنی خفیف، 7/11% کم‌وزنی متوسط و 2/1% کم‌وزنی شدید داشتند که شیوع کم‌وزنی با محل سکونت، شغل مادر و سطح تحصیلات والدین ارتباط معنی‌داری نشان داد. از نظر شاخص کوتاهی قد 55% طبیعی، 4/28% کوتاهی قد خفیف، 7/12% متوسط و 9/3% کوتاهی قد شدید داشتند که با محل سکونت، سن کودک، شغل مادر و تحصیلات والدین ارتباط معنی‌داری داشت (05/0P<). از نظر شاخص لاغری 8/67% طبیعی، 7/24% لاغری خفیف، 9/5% متوسط و 6/1% لاغری شدید داشتند که با جنس و محل سکونت ارتباط معنی‌داری را نشان داد (05/0P<). نتیجه‌گیری: با توجه به شیوع بالای سوء تغذیه در کودکان و ارتباط آن با متغیرهای مربوط به طبقه اقتصادی- اجتماعی، انجام اقداماتی همچون ارتقای سطح سواد والدین بویژه مادران، تداوم تغذیه با شیر مادر تا دو سالگی و بهبود وضعیت تغذیه کودکان زیر شش سال و ارتقای سطح آگاهی مادران در زمینه تغذیه کودکان توصیه می‌شود.